In der ehemaligen sowjetischen Treibstoffbasis in Paneriai wurden Menschen von Juli 1941 bis Juli 1944 erschossen.
Kazimierz Sakowicz, ein polnischer Journalist, der in Paneriai lebte, schrieb in seinem Tagebuch über das Massaker im Juli 1941: „Das Wetter ist gut, es ist warm, weiße Wolken ziehen über den Himmel, es ist windig. Am 11. Juli wurden Schüsse aus dem Wald abgefeuert. Wahrscheinlich eine Übung, denn im Wald, an der Straße zum Dorf Naujakiemis, befindet sich ein Munitionslager. Es ist bereits 4 Uhr nachmittags, und das Geschützfeuer dauert ein bis zwei Stunden an. Auf der Landstraße nach Grodno erfahre ich, dass eine große Anzahl von Juden in den Wald gebracht worden ist. Auf sie wird geschossen. Das war der erste Tag der Schießerei. Es war ein schweres, bedrückendes Gefühl.“
Manchmal wurden die Menschen zu Fuß aus Vilnius getrieben und dann in kleinen Gruppen in der Grube oder an ihrem Rand erschossen. Ab 1942 wurden die Opfer häufiger aus dem Lukiškės-Gefängnis oder dem Vilniusser Ghetto in kleineren Gruppen mit Lastwagen und Autos nach Paneriai gebracht, und Anfang April 1943, während der angeblichen Verlegung von Juden aus Ostlitauen und dem heutigen Weißrussland in das Ghetto Kaunas, wurden die Opfer auch mit dem Zug gebracht.
Sie hören ein Fragment des Zeugnisses von Tema Kac, einer Lehrerin, die im Ghetto von Vilnius inhaftiert war und der die Flucht aus Paneriai gelang.
„Gegen halb sechs am Abend waren wir an der Reihe. Ich bin mit meinen Töchtern gegangen. Zwischen den Hügeln trafen wir auf andere Gruppen, die wie wir ihrem Schicksal entgegengingen. Sie stellten uns in einer Reihe auf, und ich spürte, wie die Hand meiner ältesten Tochter aus der meinen glitt [...]
Ich spürte einen Schmerz im Schienbein, ich merkte, dass ich verletzt war und fiel in ein Massengrab... Ich sah meine Kinder nicht mehr und suchte auch nicht nach ihnen. Spät in der Nacht spürte ich, wie jemand über die Leichen kroch. Es stellte sich heraus, dass es eine Frau war, die versuchte, aus dem Massengrab herauszukriechen. Sie durchsuchte die ganze Gegend und fand nichts. Wir krochen zum Stacheldrahtzaun und von dort zum Tor.“