Po poniesieniu pierwszych znaczących porażek w wojnie ze Związkiem Sowieckim, III Rzesza utworzyła zespoły ekshumacyjne i kremacyjne w celu usunięcia śladów masowych mordów na okupowanych terytoriach. Działały one od maja 1942 r. do połowy 1944 r. Planem tym, znanym jako „Sonderaktion 1005”, kierował oficer SS Paul Blobel, który zorganizował mord w Babim Jarze w Kijowie jesienią 1941 roku.
Między listopadem 1943 r. a połową kwietnia 1944 r. w tym dole, który nie był wykorzystywany do masowych mordów, uwięziono 80 członków brygady palaczy zwłok, w większości więźniów getta wileńskiego i sowieckich jeńców wojennych narodowości żydowskiej.
Jeniec wojenny Konstantin Potanin, przywieziony do Ponar 29 stycznia 1944 roku, wspominał, że dół o głębokości 4-4,5 m i szerokości 15-22 m, w którym ich trzymano był wyłożony kamieniami. Połowa dołu pokryto deskami, pod którymi znajdował się piasek. W odkrytej stronie dołu ustawiano się trzy drabiny, które codziennie wyciągano z dołu. Dwie drabiny były przeznaczone dla więźniów, trzeciej natomiast używali tylko strażnicy. W zadaszonej części dołu urządzono małą kuchnię i spiżarnię. W kuchni przebywały cztery żydowskie kobiety odpowiedzialne za przygotowywanie pożywienia. W oparciu o zeznania i wspomnienia członków, w ciągu pięciu miesięcy (od grudnia 1943 r. do kwietnia 1944 r.) w Ponarach sporządzono około 20 palenisk, w których spalono od 56 000 do 68 000 ciał.
Oczywiste było, że gdy członkowie brygady palaczy wykonają swoje zadania, oni również zostaną rozstrzelani, dlatego też, nawet w tak trudnych warunkach, niektórzy członkowie brygady zaryzykowali podjęcie planu ucieczki.
Pod koniec stycznia 1944 r. więźniowie wydzielili część spiżarni, z której zaczęli kopać tunel, mający wyprowadzić ich poza teren obozu. Gdy udało im się podkopać pod fundamenty, zaczęli drążenie poziomego tunelu o szerokości około 65 cm i wysokości 55 cm. Górną część konstrukcji wzmocniono deskami, zabezpieczając w ten sposób ściany tunelu przed osunięciem się. Do wewnątrz doprowadzono przewód elektryczny z lampką. W ciągu dwóch i pół miesiąca wykopano kanał o długości około 32 m, szerokości 70 cm i wysokości 60 cm. W nocy w sobotę, 15 kwietnia,
W nocy z soboty na niedzielę 15 kwietnia 1944 r. części więźniów udało się uciec, ale tylko 11 dotarło do ukrywających się w lesie sowieckich partyzantów Na miejsce uciekinierów sprowadzono kolejną grupę wileńskich Żydów (około 150 osób), którzy odkopywali i palili zwłoki do początku lipca 1944 r. Nie ma jednak prawie żadnych informacji na temat tej brygady.
Dolna część korony kamiennej ściany dołu jest autentyczna, pozostała część zaś została wymurowana w ostatnich latach, w celu odtworzenia wyglądu dołu z czasów wojny. Trap znajdujący się obecnie w dole nie jest autentycznym eksponatem, jednak z podobnego trapu korzystano podczas ładowania zwłok na stosy do spalenia, których wysokość sięgała 4-5 metrów, układając kolejno warstwami zwłoki i kłody.